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Bien sûr, la raison majeure et évidente est la pauvreté de l'alimentation : insuffisance de fruits et de légumes dans les repas quotidiens, par exemple.
Cependant, il existe d'autres causes moins faciles à détecter.
Les problèmes digestifs peuvent être à l'origine d'une mauvaise assimilation des vitamines par le corps. C'est dans l'intestin grêle que s'effectue leur absorption.
Une maladie intestinale peut donc entraîner une carence en vitamines.

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De même, la prise de médicaments durant une période prolongée car certains ont des propriétés qui perturbent l'absorption des vitamines : médicaments pour lutter contre l'hyperacidité gastrique, laxatifs, corticoïdes...
D'autres, en revanche, provoquent des interactions : pilules contraceptives, psychotropes, antibiotiques...
Le déficit peut aussi provenir d'autres causes, telles que le manque d'exposition au soleil pour la vitamine D.
A certaines périodes de la vie (enfance, adolescence, grossesse, vieillesse...) et dans certaines circonstances (activités sportives, efforts intellectuels, conditions climatiques, pollution, stress important...), la consommation de vitamines doit être plus importante car les besoins de l'organisme sont plus grands. Le tabagisme et l'alcoolisme provoquent une carence en vitamines (particulièrement en vitamine C et vitamines B).